İncesu’nun tarihi M.Ö. yıllara dayanmaktadır. M.Ö. 13. yüzyılda Kayseri, "Güzel Atlar Ülkesi" anlamına gelen Kapadokya’nın başkentiydi. Roma döneminde, eski Pers krallarından III. Ariarates zamanında Kapadokya, bugünkü İncesu’yu da içine alan bir bölgeydi ve bu kültür günümüze kadar yaşatılmaya devam etti.

O dönemde "Sadogora" olarak bilinen İncesu ve "Nazians" olarak adlandırılan Viranşehir Köyü, Kapadokya’nın önemli yerleşim birimlerindendi. Derebağ ve Viranşehir’de, o dönemden kalma kiliseler ve küçük şapeller, motifleriyle günümüze kadar ulaşmıştır. Ayrıca Kırklar İni, kayadan oyma birçok mağara ve kaya mezarları da bu dönemin yaşayan örneklerindendir. Buradaki motifler, Ürgüp ve Göreme'dekilere göre daha basit ve ilkeldir, bu da İncesu’daki medeniyetin Kapadokya bölgesindekilerden daha eski olduğunun bir göstergesidir.

Nitekim, bir müze görevlisinin 1993 yılında yaptığı araştırmada, Kırklar İni'ndeki kilisede bazı motifler ve Tenten İnleri üzerindeki taş oyma mezarlarında iki haç işaretine rastlanmıştır. Bu işaretler, bozulmuş olsa da, kilisenin önünde bulunan işaretlerin hiçbirinin Meydan Larousse cilt 5, sayfa 499’daki 12 haç şekline benzememesi dikkat çekicidir. Yine aynı bölgede kayadan oyma mezarların çok sayıda bulunması, İncesu’daki medeniyetin Ürgüp ve Göreme’deki Bizans medeniyetinden daha eski ve ilkel olduğu görüşünü desteklemektedir.

9.yüzyılda Kayseri, Roma İmparatorluğu’nun ikiye ayrılmasından sonra Bizans sınırları içerisinde kalmıştır. Kapadokya yönetimi bu dönemde askeri valiliğe dönüştürülmüştür. Türklerin Anadolu’yu yurt edinmesine kadar bu bölge Bizans’ın elinde kalmıştır. Ancak, Beylikler Dönemi'ne kadar İncesu’nun tarihi gelişimi hakkında mevcut kaynaklarda yeterli bilgi bulunmamaktadır.

Beylikler Dönemi'nde İncesu’ya ilişkin önemli bir bilgiye sahibiz: Yavuz Sultan Selim, Çaldıran Seferi sırasında Kayseri ve Bozok’a Dulkadiroğulları soyundan Ali Bey’i yönetici olarak atamıştır ve 1515 yılında Kayseri Osmanlı topraklarına katılmıştır. Çaldıran Zaferi'nin ardından, Yavuz Sultan Selim Kayseri’ye gelir ve Dulkadiroğulları'nı ortadan kaldırmak istemektedir. İncesu vadisinde otağını kurar ve burayı güvenli bir üs olarak kullanır. Sinan Paşa’yı Dulkadiroğulları üzerine gönderir ve kısa sürede zafer kazanır.

Bu dönemde, İncesu ve çevresi Karataş Nahiyesi’ne bağlıdır. Karataş Nahiyesi, Dulkadiroğulları'na mensup Yörük cemaatlerinin yaşadığı bir bölgedir ve bugünkü İncesu ve çevresini kapsamaktadır. 1500 tarihli nüfus kayıtlarında, Karataş cemaatinin "Bezircülü Cemaati" olarak da bilindiği görülmektedir. Bu bölge, 1500'lü yıllarda 5512 altın vergi ödemiştir.

İncesu’nun Osmanlı Dönemi'nde ticari ve stratejik bir önemi vardı. IV. Mehmet döneminde, bölgedeki eşkıya saldırılarının önlenmesi amacıyla Sadrazam Merzifonlu Kara Mustafa Paşa buraya gönderilmiştir. Kara Mustafa Paşa, 1660 yılında İncesu’ya kervansaray, cami, medrese, hamam, çeşme, fırın ve dükkanlar inşa ettirerek kasabayı önemli bir yerleşim yeri haline getirmiştir.

Bölgede yapılan bu inşaatlar, çevredeki köylerden gelen halkın yerleşmesini sağlamış ve İncesu hızla büyüyen bir kasaba haline gelmiştir. İncesu’nun adı, kasabanın içerisinden geçen dereye nispetle verilmiştir. Tarihi boyunca ticaret ve kültürel zenginliği ile dikkat çeken bu bölge, Osmanlı döneminde stratejik önemi nedeniyle sürekli gelişmiş ve büyümüştür.